O nome Palmares teve origem porque nas redondezas haviam grande quantidade de butiazeiros formando as butiatuvas ou butiatubas, família das palmáceas, que se adaptavam bem ao solo e ao clima da região. A presença de abundantes butiazeiros apenas ali, desaparecendo esta vegetação em regiões circunvizinhas, supõe a ocupação periódica deste local por índios guaranis que viajavam pela orla marítima, procurando locais que se encontrasse alimento e também proximidade às águas doces.

A adição do termo "do Sul", se deu porque, por volta de 1944, surgiu uma ordem Federal de que não poderia haver, dentro do estado ou País, cidades de nomes semelhantes. Os campos que hoje compõe o município de Palmares do Sul foram doados através de sesmarias, a imigrantes portugueses que comprovaram ao Rei de Portugal ter condições de explorá-los promovendo a sua ocupação.

A primeira divisão administrativa do Estado ocorreu em 1809, quando os campos de Palmares ficaram pertecendo ao município de Santo Antônio da Patrulha. Naquela época, existiam também, na faixa litorânea norte, Conceição do Arroio (futura Osório) e Mostardas.

Ainda no período do Brasil império, foi criado o distrito de Palmares do Sul, pertecente ao município de Vila Conceição do Arroio, emancipado de Santo Antônio da Patrulha. Acampado, freqüentemente, no mesmo espaço, criou-se uma vegetação característica, composta de butiazeiros, vegetação que cresce esparsadamente formando os palmares, daí o nome do local: Palmar, Palmares.